PATGENE ファイル - ホモロジー検索の回答集合作成時のオプション変更

PATGENE (旧 PCTGEN) ファイルは、世界知的所有権機関 (WIPO) に電子的に提出された核酸・タンパク質の配列およびその書誌情報を収録するデータベースです。

このたび、ホモロジー検索 (BLAST, GETSIM) 結果の回答集合を作成する際のオプションが下記のように変更されました。

<変更後>

- 回答全件 (ALL と入力)
- 入手したいスコア値の最低値 (数字を入力)
- 入手したいスコア値/最高スコア値の最低値　(パーセンテージを入力)

<変更前>

- 回答全件 (ALL と入力)
- 入手したい回答件数(スコア値の高い順) (数字を入力)
- 入手したいスコア値/最高スコア値の最低値　(パーセンテージを入力)

<例>

:
ENTER EITHER THE MINIMUM SCORE VALUE YOU WISH TO KEEP 
OR ENTER MINIMUM PERCENT OF SCORE FOLLOWED BY % 
OR ENTER "ALL" TO KEEP ALL ANSWERS OR ENTER "END". 
"END" MUST BE ENTERED TO COMPLETE THE RUN COMMAND.

ENTER (ALL) OR ? :ALL 　← 回答全件

L2    RUN STATEMENT CREATED
L2        1252 GCTCCCAGAATGCCAGAGGCTGCTCCCCCCGTGGCCCCTGCACCAGCGAC
 :

ENTER EITHER THE MINIMUM SCORE VALUE YOU WISH TO KEEP 
OR ENTER MINIMUM PERCENT OF SCORE FOLLOWED BY % 
OR ENTER "ALL" TO KEEP ALL ANSWERS OR ENTER "END". 
"END" MUST BE ENTERED TO COMPLETE THE RUN COMMAND.

ENTER (ALL) OR ? :350  ←スコア値が 350 以上の回答のみ

L3    RUN STATEMENT CREATED
L3        310 GCTCCCAGAATGCCAGAGGCTGCTCCCCCCGTGGCCCCTGCACCAGCGAC
 :

ENTER EITHER THE MINIMUM SCORE VALUE YOU WISH TO KEEP 
OR ENTER MINIMUM PERCENT OF SCORE FOLLOWED BY % 
OR ENTER "ALL" TO KEEP ALL ANSWERS OR ENTER "END". 
"END" MUST BE ENTERED TO COMPLETE THE RUN COMMAND.

ENTER (ALL) OR ? :80%  ←スコア値/最高スコア値が 80% 以上の回答のみ

L4    RUN STATEMENT CREATED
L4        262 GCTCCCAGAATGCCAGAGGCTGCTCCCCCCGTGGCCCCTGCACCAGCGAC
 :

ENTER EITHER THE MINIMUM SCORE VALUE YOU WISH TO KEEP 
OR ENTER MINIMUM PERCENT OF SCORE FOLLOWED BY % 
OR ENTER "ALL" TO KEEP ALL ANSWERS OR ENTER "END". 
"END" MUST BE ENTERED TO COMPLETE THE RUN COMMAND.

ENTER (ALL) OR ? :END   ← 終了する場合は END と入力