GOLD
タンパク質-リガンドドッキングソフト
GOLD は、遺伝的アルゴリズムに基づいた、低分子がタンパク質の結合部位にどのようにドッキングするかを計算するプログラムです。リガンドおよびタンパク質の一部に分子の形の変化を取り込んでいます。 IsoStar から得られる、水素結合の構造についての実験的情報を取り入れたエネルギー関数を使用しています。 CSD からのねじれ角の分布データも利用しています。創薬の研究者に定評のあるドッキングプログラムです。
CSD-Discovery および CSD-Enterprise には付属しています。
大規模計算向けに、Ultra Large Dockingのオプションも新設しました。
機能紹介
バーチャルスクリーニング、リード最適化、活性分子の結合モードの同定にご活用いただけます。CSD の実測データを使ったパラメータを使っており、望ましくないリガンド配座を排除することで、Asetx Diverse セット (85) を使った検証では、81% が RMSD< 2.0 Å に収まっています。その他、詳細はこちら。
- 遺伝的アルゴリズム法を採用
- 幅広いスコア関数：GoldScore, ChemScore, Astex Statistical Potential, CHEMPLP およびユーザが定義したもの
- アンサンブルドッキングに対応
- クラスターマシンにも対応
- ワークフロー対応 (CSD Python API, KNIME Component, Pipeline Pilot)