CSD機能紹介

ConQuest は、ケンブリッジ結晶構造データベース (CSD-Core) の検索用プログラムです。各種テキスト・数値検索の他、下記のような構造検索機能が備わっています。

• 部分構造検索
• 分子内ジオメトリー情報による検索
• 分子間非結合接触の検索
• Pharmacophore 検索

ConQuest の特徴

• 使い易い化学構造作図機能および幾何学的パラメータの定義機能
• 検索質問式の簡単な組み立て機能
• 検索実行中も可能な、検索結果の会話型ブラウジング
• 各種の出力ファイル形式 (CIF, PDB, SDF, MOL2, SHELX等)

Hermes は、タンパク質などの生体高分子の立体構造を可視化・解析するソフトです。結晶構造に基づく原子位置を表示し、タンパク質の結合部位の理解に役立ちます。CSD-Discoveryをご契約の場合、Hermesをプラットフォームとしてご利用いただきます。

Hermes の特徴

• 読み込み可能ファイル：PDB file, mol2, mol, contoured surface .acnt.
• リボン、wireframe, spacefilling表示への自由に切り替え
• ドッキング結果の解析に最適
• リガンド分子の編集
• 印刷用高解像度のイメージ作成

IsoStar は、実験値に基づく非結合相互作用のデータベースです(一部理論値を含む)。ドラッグデザインに関わる人には有用な情報が含まれています。CCDCのサーバにアクセスしてお使いいただくwebベースのツールです。

IsoStar の特徴

• CSD と PDB から抽出される非結合接触情報
• 接触グループ、中心グループを選ぶためのウェブブラウザによるフロントエンド
• 分散プロットを瞬時に表示
• ユーザーの定義したレベルによる等密度線表示
• CSD および PDB の元データへのハイパーリンク

Mogul は、実験値に基づく分子内ジオメトリーのデータベースです。CSD のデータを基に結合距離、結合角度、ねじれ角などのヒストグラムを簡単に表示することができます。お手元の分子構造と Mogul ヒストグラムとの比較にとどまらず、構造未知の分子ジオメトリーを予測することが可能です。Mogulは、CCP4 の Coot、 Global Phasing の Grade、 BioSolveIT の TorsionAnalyzer、リガクの PDXL 等リンクしてお使いいただけます。

Mogul の特徴

• 実測データに基づく、ヒストグラムの素早い表示
• 多様な読み込みファイル (MOL2. CIF, PDB, RES)
• コマンドラインを使った batch モード対応も可能